La serie ha praticamente inizio da dove terminava quella di Mazinga Z che si concludeva con una puntata dove il Grande Mazinger veniva in aiuto di quest’ultimo. Esiste inoltre un lungometraggio che fa da ponte tra le due serie (Mazinga Z contro il Generale Nero).
La Terra è sotto la minaccia dei Mikenes, ovvero l’antico popolo greco dei Micenei, che un cataclisma aveva costretto a rifugiarsi per millenni nelle viscere del pianeta, affidando la loro sopravvivenza a un sole artificiale. Per questo motivo i loro corpi diventano deboli e malati ed essi devono trasformarsi in cyborg per sopravvivere. In età recente, un gruppo di ufficiali guidati dal perfido Generale Nero, che hanno convertito i propri corpi in quelli di giganteschi automi, si impadronisce con la forza del regno e ne trasforma la popolazione, parte in soldati robot (tra questi anche il loro monarca, principe Kerubinus, che viene imprigionato) e parte in mostri da combattimento, con l’evidente scopo di iniziare una guerra di conquista.
A capo dei Mikenes – anche se non prende mai parte ai combattimenti – è un colossale essere fiammeggiante noto come il malvagio Supremo Imperatore delle Tenebre, la cui natura non è specificata né nella serie animata né nel manga, lasciando così incerto il suo destino alla conclusione della vicenda (in una versione del manga di Ufo Robot Goldrake viene spiegato che egli è in realtà un cervello contenuto in una teca di vetro da cui comanda il sistema che genera l’immagine infuocata, la cui tecnologia viene addirittura imitata dai Vegani nella persona di Gandal con effetti comici: in seguito Koji Kabuto si lascia sfuggire di mano la teca, nemmeno lui sa se volontariamente o meno, uccidendolo). È certo la sua influenza a risvegliare i Mikenes da un lungo sonno e a spingerli all’azione, anche se essi sanno (come afferma lo stesso Generale Nero) che solo in questo modo potranno finalmente lasciare il sottosuolo e avere un luogo migliore e più luminoso dove vivere.
La serie è anche conosciuta come ‘Il grande Mazinga’
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